肠道微生物以其庞大的数量以及其在机体健康中扮演的重要的作用被称为人体的另一个“器官”。肠道微生物主要通过小分子代谢物实现与宿主的相互作用，因此研究肠道微生物与机体的联系机制就必须以代谢物为桥梁，对代谢物进行检测、鉴定以及溯源等分析，为复杂的是生理病理作用网络揭开神秘的面纱。
肠道所寄生的微生物种类繁多，微生物的代谢产物类型也多种多样，根据其是否与微生物的生长密切相关可以分为初级代谢产物（如氨基酸、核苷酸、糖类、脂质和维生素等）和次级代谢产物（如抗生素、毒素、激素以及色素等）两类。因此，代谢物检测主要包括种类鉴定及定性鉴定、定量鉴定以及溯源分析。目前主要基于质谱（MS）技术进行代谢物检测，质谱的主要作用就是进行样品定性和定量分析。将提取的代谢物利用液相色谱（LC）进行组分分离后进入质谱仪分析，质谱仪将代谢物质电离成带电离子以检测其质荷比形成一系列质谱数据，通过与理论数据库进行比较并结合生物信息学分析手段实现代谢物的定性和定量鉴定，再利用生信手段进行溯源分析、统计学手段进行差异代谢物分析，寻找与关键代谢物相关的代谢通路，揭示相关的生理病理作用分子机制。
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