蛋白纯化是蛋白质组学研究的重要内容，要研究一个蛋白质，首先要将其从生物样品中分离纯化出来。蛋白质的纯度对后续的蛋白质研究也至关重要，含有杂质的样品往往会导致不准确的分析结果。蛋白纯化主要是依据蛋白质的相似性和差异性来开展的，根据蛋白质的相似性可以将蛋白质与非蛋白质区分开来，而不同的蛋白质的分子量和形状等差异可以作为进一步分离的依据。
常用的蛋白质纯化方法大多都是基于色谱的技术，根据不同的分离原理可以分为凝胶过滤色谱、离子交换色谱、亲和色谱以及疏水色谱等。凝胶过滤色谱也称尺寸排阻色谱或分子筛色谱，根据蛋白质的分子质量以及形状大小对蛋白进行分离纯化，是zuì简单、zuì温和的一种纯化方法。凝胶过滤色谱利用多孔的球形颗粒作为固定相，这种多孔的球形颗粒起到分子筛的作用，小分子质量的蛋白质可以进入孔中，滞留时间长，zuì后洗脱出来；而大分子量的蛋白质不能进入孔中，直接随流动相从固定相的间隙中流过，滞留时间短，因而zuì早洗脱出来，各种不同的蛋白质组分则因受到的排阻能力不同而得以分离。
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