比较蛋白质组学又称差异蛋白质组学，主要是通过比较不同条件下样本的蛋白差异表达，寻找表达水平存在差异的蛋白质，从而揭示机体响应外界环境变化或者自身生长调节的本质，解释生理和病理机制，更好的认识机体生命活动规律。比较蛋白质组学建立在样本所表达的全部蛋白质的分析上，需要对全部蛋白进行无差别分析，尽可能多的定性定量鉴定样品中包含的蛋白质，在此基础上再进行差异蛋白筛选。这种无差别分析有助于发现新的蛋白质，或新的表达水平存在差异的蛋白质。
定向蛋白质组学或称靶向蛋白质组学，顾名思义，其研究对象是特定的，主要指针对某一个或多个特定的目标蛋白质进行定性或定量分析。相较于非靶向蛋白质组学如差异蛋白质组学，靶向蛋白质组学通过限制监测特征的数量，有针对性的选择肽段离子进行质谱数据采集，因此具有更好的准确性、灵敏度和重现性，可以更精准的定量研究复杂样品中的多个目标蛋白质，更适用于大量样本的高效快速定性定量鉴定。
总而言之，比较蛋白质组学的优势在于可发现新的蛋白质或新的表达水平存在差异的蛋白质；定向蛋白质组学目标性更强，可精准的定性定量研究复杂样品中的多个目标蛋白质，准确性高、灵敏度好。
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