Pull Down与免疫共沉淀都是用于蛋白质与蛋白质相互作用的分析方法，二者在原理上存在差异。免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation，Co-IP）通过使用靶蛋白特异性抗体来间接捕获与特定靶蛋白结合的蛋白，从而识别生理相关的蛋白-蛋白相互作用，进一步分析这些蛋白质复合物可以鉴定新的结合蛋白、结合亲和力、结合动力学以及靶蛋白的功能。Co-IP是免疫沉淀（IP）的延伸，原理也与IP相同，只是与抗原相结合的蛋白质也被沉淀下来。因此，一个实验是否被称为IP或Co-IP取决于实验的焦点是主要目标（抗原）还是次要目标（相互作用蛋白质）。Co-IP常用于分析多种蛋白质的相互作用及其功能，抗体的选择对Co-IP是否成功至关重要。因此，在实验前应该准确预测与靶蛋白相互作用的蛋白质。
Pull Down是一种类似于免疫沉淀的亲和纯化技术，只是使用“诱饵”蛋白代替抗体。亲和层析（即亲和纯化）方法大大提高了蛋白质纯化的速度和效率，同时提供了对潜在蛋白结合体进行下拉或共纯化的技术平台。在Pull Down分析中，将被亲和试剂标签标记的诱饵蛋白固定在固体基质上，从而产生用于纯化与诱饵蛋白相互作用的其他蛋白的“二级亲和载体”。然后将含有诱饵蛋白的二级亲和支持物与含有假定的“猎物”蛋白质的蛋白质混合物如细胞裂解物一起孵育，可与该诱饵蛋白相互作用的“猎物”蛋白便被捕获。
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