蛋白酶实质上是一种具有催化作用的蛋白质，在很多生理化学反应中起着重要的桥梁作用。蛋白酶作为一种蛋白质，在合成过程中也会发生各种翻译后修饰，如磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化以及糖基化等。这一系列修饰通过改变蛋白酶原本的结构从而在一定程度上改变其生物学功能，丰富了蛋白酶的功能多样性。
给定蛋白质序列的修饰位点和化学计量都会对蛋白质功能的调节产生深远的影响。因此，翻译后修饰位点的鉴定对于完全破译任何给定蛋白质的生物学作用至关重要。许多翻译后修饰的急性调节和典型的低化学计量使得修饰位点的表征具有挑战性。质谱技术的不断发展使其具有更高的分析速度和灵敏度，当前质谱已经成为蛋白质修饰定性和定量分析的理想分析工具，在蛋白质翻译后修饰研究中具有重要地位。基于液相色谱-质谱联用技术（LC-MS-MS）表征蛋白酶PTM位点目前可以使用多种互补方法来实现，可以大致分为四类：（1）串联 MS 使用一种或多种可用的碎片机制；（2）删除连续质谱分析之间的修改；（3）在 MS/MS 之前基于修饰的官能团选择性富集修饰的蛋白质或肽；（4）PTM 特定的多级 MS 策略。串联质谱分析是指在一级质谱之后选择特定 m/z 的母离子进行二级 MS 分析，可以确定肽段的氨基酸序列以及翻译后修饰的类型和位点。
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