蛋白质组学是研究某种生物体所表达的全部蛋白质或系统中所有蛋白质的科学，蛋白质作为生命活动的执行者，在维持机体正常运行方面发挥着重要作用，其种类和含量的变化与生物体的生长、应激以及疾病等密切相关。因此，蛋白质组学研究对揭示生命活动的本质、寻找疾病相关的生物标志物具有重要意义。
代谢组是细胞或机体某个时期全部代谢物质的总和，如脂质、糖类和氨基酸等，这些物质在代谢过程中充当反应的底物或产物，是研究机体代谢网络的关键物质。代谢组学就是专门研究这些代谢物质的科学，作为后基因组时代下驱生的新生技术，其主要目的是通过定性和定量表征小分子代谢物的变化来探索细胞代谢的分子机理，了解细胞代谢的相互作用网络。代谢物质不仅能反映机体的表型状态，还可以作为功能调控物质参与调节蛋白质-蛋白质相互作用、影响蛋白酶活性以及蛋白质的稳定性等，进而通过反馈机制调控机体的代谢状态。蛋白质组学和代谢组学整合分析，将蛋白组学的数据和代谢组学的数据批量整合起来，进行系统归一化处理以及统计学分析，再结合其他生物信息学分析手段如富集分析、相关性分析等，以挖掘单一组学分析不能获取的重要数据，构建代谢物变化与蛋白酶调控机制的分子模型，为后续深入分析提供数据基础，是系统性研究机体代谢调控网络的有效途径。
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