泛素（Ubiquitin，Ub）是一种小分子量多肽，在相关酶的作用下，Ub能通过共价键连接在底物蛋白或目标蛋白上，这一过程就称为蛋白泛素化修饰，是真核生物中一种常见的蛋白翻译后修饰。根据蛋白所连接的泛素分子的多少，可以将泛素化分为单泛素化和多泛素化，根据Ub所在的位置又将多泛素化分为多聚泛素化和线形多聚泛素化。因此，一个蛋白质可能有多个泛素化修饰位点，且每个位点可能连接不止有一个泛素分子。
发生泛素化修饰的蛋白肽段或氨基酸，在分子质量上会发生相应的增加，对于一个已知的蛋白或肽段，其分子质量是已知的，若其发生了泛素化修饰，则分子质量会增加一个或多个泛素分子的质量，质谱能检测到这种分子质量的变化，从而确定发生泛素化修饰的氨基酸位点。质谱直接检测的是酶解后的蛋白肽段，若检测到的肽段发生了分子质量的增加，且该肽段只含一个氨基酸，那么就能直接确定泛素化的位点；若该肽段含有多个氨基酸，那么需要进行二级质谱分析进一步确认发生泛素化修饰的氨基酸。
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