代谢物的鉴定是代谢组学（metabolomics）研究的重要内容之一，鉴定代谢物就是确定代谢物的种类，对代谢物进行定性鉴定。质谱法（MS）和核磁共振法（NMR）是代谢组学zuì常用的分析方法，二者均可实现代谢物的定性鉴定。
质谱法通常与色谱分离技术联合使用，其基本原理是利用色谱技术的分离功能将不同的代谢物质分离开来，然后再进行质谱鉴定，经质谱仪的离子源处理后的代谢物电离为不同质荷比的代谢物，质量分析器能检测到这种质荷比信息并输出为质谱图，将质谱图的质荷比数据与理论数据库中的数据进行比较、匹配，可以确定代谢物相对分子质量，进而实现该代谢物的定性鉴定。核磁共振法根据外部磁场变化导致代谢物原子核能量吸收变化而产生的光谱可以表征代谢物的化学结构，据此确定代谢物的种类。
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