糖基化是一种常见的蛋白质翻译后修饰方式，指在相关酶的作用下，蛋白质肽链上特殊氨基酸残基共价结合寡糖链的过程。糖基化修饰通过影响蛋白质结构进一步影响其功能、定位以及活性等方面。糖基化组学研究就是对特定样品中的糖基化蛋白即糖蛋白进行鉴定，包括蛋白质是否发生了糖基化以及发生了哪种糖基化、糖基化的氨基酸位点以及水平、糖链的种类和结构。由于寡糖的种类和结构复杂多样，使得蛋白质糖基化分析面临着巨大的挑战。
高通量糖基化组学技术即可大规模进行糖蛋白研究的技术，糖基化蛋白分析鉴定的大致思路是通过酶切等方法先将寡糖从糖蛋白上解离下来，然后对非糖基化肽段和释放出的聚糖进行平行分析，目前只有质谱技术能同时实现蛋白质部分和聚糖部分的高通量分析鉴定。非糖基化肽的氨基酸序列即蛋白质部分的鉴定和普通的蛋白质鉴定方法基本相同，通常利用高通量MALDI-TOF-MS或ESI串联质谱结合数据库检索来确定；而糖链的鉴定则比较复杂，目前也不具备规模化分析糖链组成结构的技术，主要借助串联质谱的母离子扫描技术、MALDI-TOF-MS的中性丢失、核磁共振以及凝集素芯片技术来解析糖链。
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