DDA（data-dependent acquisition）和PRM（parallel reaction monitoring）是质谱不同的数据采集模式。DDA主要用于非靶向蛋白质组学的研究，PRM则用于靶向蛋白质组学的研究。百泰派克生物科技提供基于质谱的DDA、MRM/PRM和DIA蛋白质组学分析服务。
蛋白组分析中DDA和PRM
DDA
DDA（data-dependent acquisition）即数据依赖型扫描模式，是Z_U_I早和Z_U_I简单的质谱数据采集模式，主要用于以采样和发现蛋白质为主要目标的蛋白质组学的研究中。在DDA数据依赖型扫描模式中，MS1扫描期间到达质谱检测器的丰富Z_U_I高的离子的子集在MS2序列扫描中被单独隔离并碎片化，每一个MS2扫描都可以用生物信息学来分析。DDA数据依赖型扫描模式通常可以鉴定出数千种蛋白质。但是，如果有太多的肽段共洗脱并在一次MS1扫描中出现，DDA数据依赖型扫描模式只会随机采样Z_U_I丰富的肽段而忽略其余的，会降低分析的重现性并阻碍了低丰度肽段的测定。因此，当以j_ī_n_g|q_u_è定量、重现性和验证为主要目标的蛋白质组学研究需求出现，MRM和PRM靶向蛋白质组学应运而生。
PRM
PRM（parallel reaction monitoring）是一种基于高分辨率和高精度质谱的数据采集技术，衍生于MRM（multiple reaction monitoring），可用于靶向定量蛋白组学中目标蛋白分子的研究。与DDA模式下仪器根据丰度选择前体离子不同，在MRM和PRM中，要分析的前体离子由用户固定。MRM和PRM通过将MS1和MS2扫描仅集中在一小组预先确定和识别的肽上，避免了DDA的不j_ī_n_g|q_u_è性和不可重复性。虽然DDA存在缺陷，但它的检测范围广、设置和分析简便，是PRM靶向蛋白质组学分析前用于筛选感兴趣的目标蛋白质的主要方法, 如iTRAQ、TMT、Label-free和SILAC蛋白质组学等，都是基于DDA的技术。
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