基质辅助激光解析电离质谱（MALDI-TOF）将蛋白样品包埋在固相基质中，利用基质将激光的能量均匀的传递给样品，避免了样品直接接受强烈的激光能量，保护蛋白质分子不受破坏而电离成碎片离子。样品的缓冲液、基质的类型以及基质和样品的混合程度都会影响电离的结果，进而影响到样品分析的分辨率、灵敏度和准确度。因此，在利用MALDI-TOF分析蛋白时缓冲液和基质的选择相当重要，蛋白缓冲液的含盐量不宜过高，常用的蛋白缓冲液主要有Tris、碳酸氢铵、甲苯（C7H8）、丙酮（C3H6O）、甲醇（CH4O）、乙腈（C2H3N）、三氟乙酸（HF3）、水、乙酸乙酯(C4H8O2)、乙mí（C2H5OC2H5）等；对于蛋白质、多肽和核酸等样品，较为常用的基质有芥子酸（SA）、2,5羟基苯甲酸（DHBA）和3-羟基吡啶甲酸（3HPA）等。
百泰派克生物科技采用Bruker公司的ultrafleXtreme? MALDI TOF/TOF质谱系统，提供基于MALDI TOF的蛋白质质谱分析
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