组成蛋白质的多肽链不是闭合的，而是链状的化合物，含有两个末端，即氨基端（N端）和羧基端（C端）。蛋白质的C端和N端有着特殊的意义：研究表明，蛋白质N端序列与蛋白质的寿命和亚细胞器定位等有密切关系；C端序列影响蛋白质和多肽的空间结构和生物功能。蛋白质C端和N端测序研究有利于分析蛋白质的gāo级结构，揭示蛋白质的生物学功能。
蛋白质C端测序
蛋白质C端测序的方法主要有羧肽酶法、化学法和串联质谱法等。羧肽酶法和化学法的策略是通过酶解法或化学试剂裂解法获得C端氨基酸，再结合液相色谱或质谱技术对氨基酸种类进行鉴定。串联质谱法测定蛋白质 C端序列的原理是将蛋白质样品酶解、消化成肽段混合物，然后对肽段混合物进行串联质谱分析，通过一级质谱信息选择C端肽段离子进行二级质谱分析，再根据二级质谱数据结合相应软件和数据库计算蛋白质的C端氨基酸序列。
蛋白质N端测序
蛋白质N端测序的方法包括传统的Edman 降解法、逆转录PCR法（RT-PCR）和质谱法。Edman 降解法要求较高的蛋白质或多肽纯度，且不能用于N端封闭的蛋白质。RT-PCR根据反转录得到的DNA，通过遗传密码表来推演对应的氨基酸序列，该方法简便快速，但不能预测由突变或翻译后加工引起的氨基酸残基变化，故不能完全真实的反应原蛋白的N端序列。相比前两种方法，质谱法的灵敏度、准确度和分辨率都比较高，在蛋白质序列分析中的广泛应用，为蛋白质的N端测序提供了一种重要的选择。
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