蛋白质含量分析是蛋白质组学研究的重要内容之一，蛋白含量也是进行差异蛋白筛选的重要依据。目前，常用的蛋白质定量技术主要分为标记策略和非标记策略（Label Free），标记策略又可以进一步分为体内标记（如SILAC）和体外标记（如TMT、iTRAQ等）。它们都可以对蛋白进行相对或决对定量，不同点主要体现在标记类型、通量、稳定性、重现性等方面，如下表所示：
Label Free
SILAC
TMT
iTRAQ
标记类型
无标记
体内代谢标记
体外同位素标记
体外同位素标记
通量
较大，理论上无限制
较大，可全细胞蛋白分析
较小，一次实验zuì多可检测10种蛋白
较小，一次实验zuì多可检测8种蛋白
定量稳定性
较低，数据缺失值较多
较高
较高
较高
重现性
低
高
高
高
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